Trường Quân y hình thành từ thời kỳ Quốc gia Việt Nam, phục vụ Quân đội Quốc gia trong Quân đội Liên hiệp Pháp. Trường được thành lập vào tháng 8 năm 1951 tại Bệnh viện Patterson, phố Hàng Chiếu, Hà Nội với danh xưng ban đầu là Trường Quân y Trung ương.

Sau Hiệp định Genève 20 tháng 7 năm 1954, trường di chuyển vào Nam đặt trụ sở tại bến Bạch Đằng, Sài Gòn và đổi danh xưng thành Đại học Quân y

Năm 1956, trường lại đổi danh hiệu thành Trung tâm Huấn luyện Quân y do sáp nhập Đại học Quân y với Trung tâm Huấn luyện Y tá, đặt cơ sở tại Quân y viện Chi Lăng, đường Nguyễn Bỉnh Khiêm, Sài Gòn. Sau đó dời về số 4 đường Hùng Vương, Chợ Lớn.

Tháng 4 năm 1964, để phù hợp với chức năng của trường, một lần nữa trường được cải danh thành Trường Quân y, đặt cơ sở tại Phú Thọ, Gia Định.

Kể từ ngày thành lập cho đến tháng 9 năm 1965, trường đã thực hiện các chương trình huấn luyện như sau:

• Thành phần sĩ quan:

-Các khóa Y sĩ, Dược sĩ và Nha sĩ Hiện dịch-Y sĩ giải phẫu Binh đoàn-Y sĩ Trưng tập, Y sĩ Hành chính và Trợ y.

• Thành phần Hạ sĩ quan và Binh sĩ:

-Các khóa Hạ sĩ quan B1 Quân y-Các khóa Hạ sĩ quan Trừ bị Quân y-Các khóa CC 2:-Y tá, Nha tá, Quang tuyến, Bảo tồn, Y cụ, Y khoa phòng ngừa, Tiếp huyết thí nghiệm, Gây tê và mê, Phòng mổ và Y tá phi hành.-Các khóa CC 1:-Cơ hữu Quân y và Tân binh Quân y

Trường đã hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao phó cho đến tháng 4 năm 1975.